La fachada del ayuntamiento. EPDAAldeguer ha estado en el punto de mira del PP de Alcà sser y del movimiento vecinal, que le acusaban de ser el promotor del proyecto de macrodepuradora en este municipio de l'Horta Sud. Los populares llegaron incluso a pedir al presidente de la Generalitat en la anterior legislatura, Ximo Puig, su destitución inmediata.
Su nombre aparece en las alegaciones presentadas por el PP local al proyecto, en las que se dice: "se ha fraguado ocultando a la población y mintiendo sobre el mismo tanto por parte de la Conselleria de Agricultura, Desarrollo Rural, Emergencia Climática y Transición Ecológica con la cooperación necesaria de la Confederación Hidrográfica del Júcar e ideado por una persona acusada de contaminar el Mar Menor, Manuel Aldeguer exdirector general de Agua, quien se enfrenta a casi dos años de prisión por la contaminación del Mar Menor, es investigado por una caso de autorización de vertidos al mar en Alicante".
El grupo municipal socialista ya se ha pronunciado al respecto en sus redes sociales y advierten de que "poco a poco, las mentiras que se han contado desde el PP de Alcà sser y la asociación, van saliendo y van aclarándose".
Tras la querella presentada por la Asociación de Vecinos Gran VÃa Sur, seis meses después, el juzgado avala el proceder de Aldeguer, y de la otra encausada, la jefa de Servicio de Planificación, Recursos Hidráulicos y Calidad de las Aguas, Milagros Pérez, y resuelve el archivo provisional de la causa al estimar que no mantuvieron una actitud pasiva, ni tendieron a retrasar la toma de decisiones de forma deliberada.
